snapgene mac版本 v4.3.6

SnapGene mac版是一款功能非常強(qiáng)大的分子生物學(xué)軟件，它模擬了Clontech的In-Fusion克隆技術(shù)，只需選擇您想要融合的DNA片段，即可設(shè)計(jì)引物，是創(chuàng)建無縫基因融合的一種非常通用的方法，該軟件還簡化了吉布森裝配反應(yīng)的計(jì)劃，并自動(dòng)化了底漆設(shè)計(jì)，通過PCR擴(kuò)增待連接的DNA片段以產(chǎn)生重疊末端，同時(shí)還能夠非常直觀的注釋分析和DNA圖譜，用于創(chuàng)建和共享豐富的注釋文件,幫助我們準(zhǔn)確清晰地為分子生物學(xué)繪制相關(guān)圖形。

除此之外，SnapGene軟件還可以方便教師和專門的學(xué)生來分析酶切位點(diǎn)、標(biāo)簽、啟動(dòng)子、終止子和復(fù)制子等質(zhì)粒元件，并且還可以將數(shù)據(jù)導(dǎo)出為與設(shè)計(jì)用于DNA序列的其他流行軟件解決方案兼容的文件格式，甚至還提供了計(jì)劃，可視化和記錄DNA克隆和PCR的最快和最簡單的方法，用戶可以輕松注釋功能并設(shè)計(jì)引物，這種分子生物學(xué)工具可以生成詳細(xì)的 DNA 序列文件，并與同事共享，有需要的朋友歡迎前來下載。

功能介紹

一、想象

1、DNA可視化

查看DNA序列的多個(gè)視圖。

地圖 · 序列 · 酶 · 特征 · 引物 · 歷史

自定義酶位點(diǎn)，特征，引物，ORF，DNA顏色等的顯示。地圖可以是圓形或線性格式。

2、大序列支持

瀏覽染色體大小序列。

查看 · 搜索 · 縮放

利用SnapGene的高效數(shù)據(jù)處理功能，掃描具有數(shù)千種注釋功能的大型DNA序列。

3、蛋白質(zhì)可視化

查看蛋白質(zhì)序列的多個(gè)視圖。

地圖 · 序列 · 屬性 · 特征 · 歷史

自定義區(qū)域，站點(diǎn)，鍵和序列顏色的顯示。

4、直觀的序列編輯

輕松編輯DNA和蛋白質(zhì)序列。

標(biāo)準(zhǔn)編輯 · DNA結(jié)束

進(jìn)行插入，刪除，替換和大小寫更改。復(fù)制并粘貼序列時(shí)，會(huì)自動(dòng)傳輸功能。

5、序列顏色編碼

將選定的DNA或氨基酸序列設(shè)置為十種顏色之一。

給兩條DNA鏈或蛋白質(zhì)序列著色。顏色在Map和Sequence視圖中都可見。

6、特征注釋

自動(dòng)注釋常用功能，或手動(dòng)注釋新功能。

自動(dòng)特征檢測 · 手動(dòng)特征注釋

使用SnapGene廣泛的數(shù)據(jù)庫查找DNA序列中的常見特征。您選擇的其他功能可以添加到自定義數(shù)據(jù)庫

二、模擬

1、限制性站點(diǎn)指標(biāo)

確認(rèn)限制性網(wǎng)站適合克隆。

獨(dú)特性 · 甲基化***性 · 特殊性質(zhì)

以粗體顯示獨(dú)特的限制性位點(diǎn)，或選擇自動(dòng)定義的Unique Cutters或Unique 6+ Cutters酶組。

2、限制性克隆

可視化克隆過程的所有方面。

如果您已經(jīng)考慮過程，則模擬只需幾秒鐘。如果克隆過程存在設(shè)計(jì)缺陷，則可以捕獲并糾正錯(cuò)誤。

3、PCR

模擬標(biāo)準(zhǔn)PCR。

使用您自己的引物，或要求SnapGene自動(dòng)設(shè)計(jì)引物。產(chǎn)品文件在其歷史記錄中存儲(chǔ)模板和引物。

4、重疊延伸PCR

通過重疊延伸PCR融合片段。

最多可組裝八個(gè)片段。選擇要連接的片段及其方向，SnapGene將設(shè)計(jì)引物。

5、引物定向誘變

使用誘變引物進(jìn)行定點(diǎn)誘變。

選擇誘變引物，按下按鈕查看修飾的質(zhì)粒。歷史顏色突出了突變。

6、網(wǎng)關(guān)®克隆

模擬網(wǎng)關(guān)® BP克隆或lr克隆，或兩者在同一時(shí)間。

為方便起見，提供了常見的供體向量和目的向量。選擇要組裝的片段，SnapGene將設(shè)計(jì)引物。

7、吉布森大會(huì)®

通過融合多達(dá)八個(gè)片段或通過將多達(dá)八個(gè)片段插入向量來模擬Gibson Assembly。Gibson Assembly是一種流行的無縫克隆方法。

選擇要融合的片段及其方向，SnapGene將設(shè)計(jì)引物。線性化的載體可以通過酶消化或反向PCR產(chǎn)生。

8、IN-FUSION ®克隆

通過在向量中插入最多八個(gè)片段來模擬Clontech的In-Fusion克隆。In-Fusion克隆是一種非常通用的方法，可用于創(chuàng)建無縫基因融合。

選擇要融合的片段及其方向，SnapGene將設(shè)計(jì)引物。線性化的載體可以通過酶消化或反向PCR產(chǎn)生。

9、TA和GC克隆

通過TA或GC克隆捕獲PCR產(chǎn)物。

選擇傳統(tǒng)的TA克隆或高效GC克隆。

為方便起見，提供了常見的TA克隆載體和Lucigen的GC克隆載體。

10、退火Oligos

退火兩個(gè)寡核苷酸形成雙鏈產(chǎn)物。

使用簡單的控件添加突出限制克隆。

三、避免錯(cuò)誤

1、閱讀基因融合的框架

確保構(gòu)造中的已轉(zhuǎn)換要素符合框架。

鏈接翻譯 · 警告信息使用“序列”視圖可以快速查看兩個(gè)已翻譯的要素是否在框架中。如果是這樣，翻譯鏈接在同一行。如果不是，則翻譯在單獨(dú)的行上。

2、與參考序列對齊

使用強(qiáng)大的對齊工具檢查實(shí)際構(gòu)造是否與模擬構(gòu)造匹配。

四、自動(dòng)錄制

1、全面的“撤銷”能力幾乎撤消任何操作。

不要害怕嘗試使用SnapGene文件 - 回溯您的步驟很容易。

2、歷史和嵌入式祖先

查看構(gòu)造的圖形歷史記錄。

單擊操作以突出顯示親本和產(chǎn)物序列的相關(guān)部分，或單擊PCR引物名稱以查看引物序列。

單擊歷史記錄樹中的祖先以重新生成該祖先序列文件，包括其注釋和克隆歷史記錄。

3、歷史色彩

使用可選的歷史記錄顏色來標(biāo)識(shí)序列的最新更改。

詳細(xì)了解構(gòu)建體的組裝方式，包括結(jié)扎的粘性末端。

五、有你的數(shù)據(jù)

1、安全文件管理

將SnapGene文件保存在所需的位置。

使用熟悉的安全操作系統(tǒng)來存儲(chǔ)和整理SnapGene文件。

2、從其他格式導(dǎo)入

閱讀許多常見的文件格式。

不僅可以導(dǎo)入DNA序列，還可以導(dǎo)入注釋和注釋。我們將繼續(xù)開發(fā)進(jìn)口商，以確保您不會(huì)被鎖定為專有文件格式

3、導(dǎo)出為標(biāo)準(zhǔn)格式

將序列，地圖或凝膠圖像轉(zhuǎn)換為標(biāo)準(zhǔn)格式，以便與其他軟件一起使用。

將序列導(dǎo)出為GenBank或FASTA格式。將地圖或模擬瓊脂糖凝膠導(dǎo)出為常見的圖像格式。

4、使用SnapGene Viewer共享數(shù)據(jù)

將SnapGene格式的文件發(fā)送給可以下載免費(fèi)SnapGene Viewer的同事或客戶。

只需將文件與鏈接一起發(fā)送到SnapGene Viewer即可。收件人將能夠看到地圖，序列和注釋，就像在完整的SnapGene界面中一樣。

六、轉(zhuǎn)換文件格式

開放式信息交換至關(guān)重要，因此SnapGene和SnapGene Viewer提供了讀取和導(dǎo)出常見文件格式的選項(xiàng)。

軟件特色

1、設(shè)計(jì)更好的程序

準(zhǔn)確設(shè)計(jì)和模擬克隆程序。測試復(fù)雜的項(xiàng)目，在錯(cuò)誤發(fā)生之前發(fā)現(xiàn)錯(cuò)誤，并在第一時(shí)間獲得正確的構(gòu)造。

2、可視化您的流程

當(dāng)您可以看到自己在做什么時(shí)，克隆會(huì)更容易。直觀的界面為您提供無與倫比的工作可見性，簡化通常復(fù)雜的任務(wù)。

3、自動(dòng)記錄您的工作

軟件自動(dòng)記錄文檔，因此您不必這樣做。查看并分享導(dǎo)致最終質(zhì)粒的每個(gè)序列編輯和克隆程序。

更新日志

v4.3.6版本

4.3版增加了多個(gè)新功能，包括重疊群裝配，更靈活的比對工具，支持切口內(nèi)切核酸酶，以及支持點(diǎn)特征。

1、重疊群大會(huì)

線性或環(huán)狀重疊群可以從重疊序列或Sanger序列跡線重新組裝。

2、靈活的對齊

現(xiàn)在可以以各種方式導(dǎo)入要對齊的序列?？梢蕴崛《鄠€(gè)對齊的一部分以生成新的多重對齊，或者可以編輯現(xiàn)有的多個(gè)對齊以添加或移除由不同算法生成的對齊。

3、Nicking Enzymes

可以顯示Nicking核酸內(nèi)切酶。當(dāng)選擇跨越從線性序列的末端到切口核酸內(nèi)切酶位點(diǎn)時(shí)，可以通過按Delete刪除該單鏈區(qū)域。

4、點(diǎn)特征

現(xiàn)在，DNA序列支持零長度點(diǎn)功能，并在從GenBank，MacVector或Gene Construction Kit導(dǎo)入文件時(shí)識(shí)別。

5、酶網(wǎng)站突出顯示

常用的酶位點(diǎn)可以用黃金突出顯示，以便快速識(shí)別。

6、協(xié)調(diào)一致性增強(qiáng)

多重比對的共識(shí)序列具有改進(jìn)的格式，現(xiàn)在可以復(fù)制或?qū)С觥?/p>

7、用于與參考序列對齊的存儲(chǔ)編輯

根據(jù)流行的需求，當(dāng)通過調(diào)整比對序列的端點(diǎn)編輯與參考DNA序列的比對時(shí)，保留和恢復(fù)那些編輯。

8、從其他文件格式導(dǎo)入功能

可以將特征導(dǎo)入到BED，GFF3或GTF格式的DNA序列中。

9、從UniProt導(dǎo)入

可以從UniProt數(shù)據(jù)庫導(dǎo)入蛋白質(zhì)序列記錄。

10、進(jìn)口基因組編譯器項(xiàng)目

現(xiàn)在可以在SnapGene中直接打開Genome Compiler項(xiàng)目文件（.gcproj）。對于施工項(xiàng)目文件，在“歷史記錄”視圖中捕獲施工歷史。

11、引物添加日期

將引物添加到文件時(shí)，會(huì)記錄日期。引物可按添加日期排序。

12、讀取和寫入對齊文件格式

SnapGene可以導(dǎo)入比對以在SAM / BAM和參考序列矢量NTI® .cep格式，并且可以比對導(dǎo)出到SAM / BAM格式的參考序列。