ntsyspc(分子生物學(xué)分析軟件) v2.10e

ntsyspc是一款來自國(guó)外非常知名的分子生物學(xué)分析軟件。主要可為從事生物研究者提供生物群體聚類分析及相似性分析，并自動(dòng)計(jì)算相關(guān)遺傳距離，分析聚類樹繪圖等操作，可利用Ntedit直接錄入數(shù)據(jù)，從excel表中直接讀入數(shù)據(jù)，還可以從文本文件進(jìn)行讀取數(shù)據(jù)。專業(yè)性很強(qiáng)，有需要的便宜請(qǐng)下載。

ntsyspc表型聚類分析

1、數(shù)據(jù)格式整理

格式和注意事項(xiàng)與分子標(biāo)記格式相同，表型數(shù)據(jù)導(dǎo)入時(shí)，表型數(shù)目等同于標(biāo)記數(shù)目，表型名稱可以簡(jiǎn)化為數(shù)字，表型缺失數(shù)據(jù)用-999表示。另存為nts格式的操作和標(biāo)記基因型一致，在此不再詳述。

2、數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化

在Output&transf.菜單下選擇，彈出下圖界面，在Input file和Output file分別設(shè)置表型數(shù)據(jù)文件和標(biāo)準(zhǔn)化后的存儲(chǔ)文件。設(shè)置好后點(diǎn)擊Compute運(yùn)行。

3、歐式距離矩陣計(jì)算

選擇Similarity菜單下的Interval data，Input file選擇標(biāo)準(zhǔn)化后的.nts數(shù)據(jù)文件，運(yùn)算函數(shù)Coefficient選擇EUCLID，數(shù)據(jù)保存在Output file，格式設(shè)為.nts。

功能特色

1、相似性和差異性：關(guān)聯(lián)、距離、34個(gè)關(guān)聯(lián)系數(shù)和11個(gè)遺傳距離系數(shù)。

2、聚類：UPGMA和其他等級(jí)結(jié)構(gòu)的SAHN方法（可以是多重關(guān)系）、鄰接法和共同樹的幾種形式。

3、圖論方法：最短長(zhǎng)度的生成樹和用鄰接法繪制圖片（可以是無根系統(tǒng)樹）。

4、 排序：主成分或主坐標(biāo)分析、對(duì)應(yīng)分析、度量與非度量多維尺度分析、奇異值分析和Burnaby方法、典型分布隨機(jī)分析、方案的多因素分析、常見的主成分分析、偏最小二乘、多關(guān)聯(lián)性和典型相關(guān)。

5、圖片互動(dòng)：表征圖、物種樹、二維散點(diǎn)圖，相似性和差異性矩陣的對(duì)比、傅立葉的大綱圖、Procrustes繪圖和三維視點(diǎn)繪圖。

6、多變量測(cè)試：典型變量分析、協(xié)方差矩陣測(cè)試、維數(shù)測(cè)試、廣義多元回歸分析。同時(shí)還有輔導(dǎo)程序和模擬實(shí)驗(yàn)內(nèi)容。

7、幾何形態(tài)測(cè)量：包括Procrustes分析的特殊組件，用于疊加重點(diǎn)結(jié)構(gòu)，繪制Procrutes分析的結(jié)果圖片，繪制輪廓圖片和輪廓形狀的傅立葉系數(shù)（包括2D和3D橢圓圖片）和部分2D和3D的彎曲系數(shù)并估算統(tǒng)一部分。

8、其他：由同表象相關(guān)、Mantel測(cè)試，3-way Mantel測(cè)試，數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化和矩陣轉(zhuǎn)化等進(jìn)行矩陣對(duì)比。矩陣可分割或合并。